La Parroquia San Pedro Apóstol de La Laguna tiene sus orígenes en el año 1900, cuando fue creada por el Obispo de Pasto, San Ezequiel Moreno. La fundación de la parroquia estuvo estrechamente ligada a la labor misionera en la región. Inicialmente, la jurisdicción parroquial ordinaria abarcaba los pueblos e iglesias de La Laguna, Cabrera y Pejendino, los cuales fueron segregados de San Sebastián de la ciudad de Pasto.

La parroquia experimentó cambios significativos a lo largo de los años, pasando de ser una misión de comunidades indígenas a ser una comunidad con una importante cultura campesina, al cuidado del Clero Diocesano. Esta transición implicó la llegada de diversos párrocos que contribuyeron al desarrollo y la organización de la comunidad parroquial.