La Parroquia San Juan Bosco tiene sus orígenes como capilla del colegio San Juan Bosco. La construcción de la capilla comenzó hacia 1940 y, según testimonios, se completó en 1958. Después de aproximadamente 20 años de trabajo, el Padre Manuel Tito González, fundador y constructor del colegio en 1935, tuvo la visión de llevar a los salesianos para dirigir el colegio. Luego de su fallecimiento el obispo de la época invitó a los Salesianos a tomar la dirección del colegio, lo cual no fue posible por diversas razones y por consiguiente, esta obra estuvo dirigida por sacerdotes diocesanos.

En el año 2010, después de 38 años de ausencia, los salesianos regresaron a Pasto mediante un convenio entre el Provincial de los Salesianos Vidal Niebles y Monseñor Julio Enrique Prado Bolaños. En esta nueva etapa, fueron nombrados en primer lugar, el Padre Jorge Iván Pérez Valencia como encargado de la comunidad y rector de la Institución Educativa Municipal San Juan Bosco, y el Padre Rodrigo de Jesús Echandía Posada como docente del colegio y encargado de la capilla, con la proyección de convertirse en parroquia. Propósito que se empezó a materializar el 28 de noviembre de 2010 cuando se erigió la Parroquia San Juan Bosco, mediante Decreto número 062.

El P. Rodrigo de Jesús Echandía Posada fue nombrado Párroco y el P. Víctor Hugo Arias Castañeda como Vicario parroquial. Desde entonces, la parroquia ha experimentado un proceso de renovación y evangelización, estableciendo diversos grupos y actividades pastorales.

Se realizaron mejoras esenciales en el colegio y la capilla, y se construyó una rampa para garantizar la accesibilidad a personas con discapacidad. La parroquia ha crecido y se ha dividido en sectores, con equipos sectoriales y actividades específicas para fomentar el sentido de pertenencia a la comunidad parroquial.