La Iglesia de San Juan Bautista, fue la primera catedral de la ciudad de Pasto. Es un templo de estilo colonial. Este templo, guarda los restos del caudillo pastuso de la Independencia, Agustín Agualongo, así como la imagen de San Juan Bautista que fue utilizada para que Sebastián de Belalcázar fundara Pasto en 1537. En esa época, este templo fue una modesta choza, con muros de bahareque y un techo de paja.

El primer párroco de la ciudad, Don Diego Gómez de Tapia, en el año de 1541 se dedicó a construir una nueva iglesia, que reemplazara la capilla primitiva, antes mencionada. Cabe resaltar que en la torre de esta segunda iglesia, el 17 de junio de 1559 se ordenó repicar las campanas para celebrar la elevación de la villa a ciudad.