La población de Chachagüí tiene sus orígenes en la época precolombina, cuando la población era habitada por los indígenas Quillacingas que intercambiaban productos con otras comunidades cercanas. Durante la colonia, la población fue entregada al encomendero Juan Rosero y sus viviendas fueron construidas en forma de bohíos, con paredes en bareque, piso en tierra y techo en paja. En 1574, el historiador Juan Velasco lo denominó Chacharbí, también ha sido conocida a través del tiempo por los nombres de Chachaví y Chachahuí, hasta llegar al actual Chachagüí. Vocablo indígena que significa aguas buenas.

En el siglo XVII, Chachagüí contó con el encomendero don Manuel Velasco y Zúñiga, quien construyó una capilla de adobe y paredes en tres años. Sin embargo, en el siglo XVIII, Chachagüí perdió su autonomía eclesiástica y se convirtió en anexo de El Tambo, lo que afectó su desarrollo . A partir de 1850, la historia de la comunidad fue construida por la tradición oral, ya que la documentación histórica fue quemada cuando desapareció el cabildo y las tierras fueron escrituradas por funcionarios del municipio de Pasto entre 1934 y 1950. En 1864, Chachagüí pertenecía al municipio de La Florida y había presencia de un sacerdote desde este año.

En 1910, Chachagüí adquirió la categoría de corregimiento de Pasto, con varias secciones. En el campo eclesiástico, Chachagüí fue erigida parroquia en el año de 1922 por Monseñor Juan Manuel García Tejada, siendo su primer párroco el presbítero Francisco Viteri . Finalmente, Chachagüí fue elegido como municipio número 60 de Nariño mediante ordenanza 20 del 24 de noviembre de 1992, sancionada el 23 de febrero de 1993.