El municipio de San Bernardo, tiene sus orígenes en la época colonial, cuando la hacienda «San Bernardo» pertenecía al capitán Manuel Salazar Santacruz. El nombre de la población se deriva de esta hacienda, y su origen es muy antiguo, según el inventario que el gobernador de Popayán ordenó levantar al alcalde más antiguo y juez comisionado José Muñoz de Ayala contra el albacea Tomas de Santacruz y el mayordomo Juan López.

La Parroquia San Bernardo fue creada como tal en el año 1927, bajo el gobierno pastoral de Mons. Antonio María Pueyo de Val, Obispo de Pasto, en honor a San Bernardo Abad, cuya memoria se celebra en la Iglesia el 20 de agosto. La construcción de la casa cural y el templo parroquial se llevaron a cabo con el apoyo de la feligresía entre 1953 y 1959. El primer párroco fue el padre Manuel Antonio Hormaza (1927 – 1928).

La organización de la parroquia se basa en pequeñas comunidades y sectores, con agentes de evangelización, en cada vereda y barrio. En las grandes fiestas de Pascua, Navidad, Resurrección y Fiesta patronal, hay una activa participación de la comunidad.