En la época de la colonia transitaban muchos españoles de paso a Quito, llevando las cargas en mulas, cierto día al subir la loma del Colorado las mulas no quisieron avanzar causando admiración por este suceso, al ser descubierta la carga se llevaron la sorpresa que era las imágenes en bulto de Santiago Apóstol, la Virgen de las Mercedes y San Sebastián, siendo tomado este suceso como milagro deciden edificar una ermita que sería admirada desde cualquier punto de las montañas tomando el nombre de Santiago Apóstol por ser la primera imagen que se destapó, sin embargo en el terremoto del 20 de enero de 1834 quedó en ruinas, teniendo que demolerla a inicios del año 1894.

El templo se reconstruyó entre marzo de 1894 y julio de 1897. El 4 de octubre de 1897 de este mismo año se hizo la bendición e inauguración del Templo. En el año de 1925 se comenzó la construcción del frontis de la iglesia. La iglesia de Santiago se caracteriza por tener un estilo Románico dado que el arco de medio punto es el elemento predominante, igual que sus columnas de fuste cilíndrico y su puerta principal abocinada.

Se tiene datos que la iglesia fue entregada a los Padres Capuchinos hacia el año 1881, después de lo cual los padres capuchinos llegados desde Ecuador vienen a instalarse en este convento.